Il peut arriver que l’échantillon soit mal pris (pas suffisamment profond dans les voies nasales, par exemple), ou que le patient n’en soit qu’au tout début ou à la toute fin de la maladie, à un moment où il n’excrète que très peu de virus. Dans des cas comme ça, oui, il peut arriver que le test PCR soit négatif alors que le patient est bel et bien infecté.
Il peut arriver que l’échantillon soit mal pris (pas suffisamment profond dans les voies nasales, par exemple), ou que le patient n’en soit qu’au tout début ou à la toute fin de la maladie, à un moment où il n’excrète que très peu de virus. Dans des cas comme ça, oui, il peut arriver que le test PCR soit négatif alors que le patient est bel et bien infecté.

Non, les tests de COVID-19 n’échappent pas 30 % des cas

Q: «On réclame beaucoup de tests pour la COVID-19 en laissant croire que ça permet de distinguer ceux porteurs du virus de ceux qui ne le sont pas. Mais on ne parle pas du fait que le test, cause de ses caractéristiques et de la manière de faire les prélèvements, n’aurait qu’une sensibilité que de 70 % : 3 cas infectés sur 10 lui échapperaient, apparemment. Y a-t-il vraiment tant de faux négatifs que cela?» demande Louise Charron, de Lévis.

R: Il y a deux choses à distinguer, ici : le test lui-même et la manière dont il est administré. Les tests utilisés présentement sont des «tests PCR», de l’anglais polymerase chain reaction. Grosso modo, c’est une technique qui est faite pour reconnaître une séquence génétique particulière, et unique à la COVID-19; si cette séquence est présente, le PCR va en produire des milliers de copies afin d’en faciliter la détection.

Il faut une quantité minimale de virus dans un échantillon que le test la détecte mais, dans la mesure où ce seuil est atteint, «c’est un test qui a une très bonne fiabilité, ce n’est pas un problème», assure Luigi Bouchard, professeur de biochimie à l’Université de Sherbrooke et chef du service de génie moléculaire et génétique au CIUSS du Saguenay-Lac-Saint-Jean. Même son de cloche du côté de Dre Julie Bestman-Smith, microbiologiste au CHU de Québec : «C’est la technique de référence pour pratiquement toutes les infections virales, c’est le test le plus sensible.»

Il peut toutefois arriver que l’échantillon soit mal pris (pas suffisamment profond dans les voies nasales, par exemple), ou que le patient n’en soit qu’au tout début ou à la toute fin de la maladie, à un moment où il n’excrète que très peu de virus. Dans des cas comme ça, oui, il peut arriver que le test PCR soit négatif alors que le patient est bel et bien infecté. Mais ce sont là des limites connues des tests PCR, et si quelqu’un décide de l’utiliser sur ce genre de patients, ce n’est pas la faute du test…

«C’est pour ça que si un clinicien a des raisons de croire que son patient est vraiment infecté par la COVID-19 et que le test revient négatif, on lui dit de répéter l’analyse dans les 24 à 48 heures pour être sûr d’aller chercher ces patients-là, qui seraient asymptômatiques ou sans virus», dit Dre Bestman-Smith.

Maintenant, cette histoire de «30 % de faux négatifs» a beaucoup, beaucoup circulé sur les réseaux sociaux, et une clef importante pour comprendre ce qu’il en est vraiment se trouve dans les études qui ont contribué à lancer ou à entretenir cette rumeur, car elles ont toutes un point en commun : toutes ont consisté à faire passer à la fois des tests PCR et un scan des poumons à des patients qui présentaient des symptômes compatibles avec la COVID-19 (fièvre et toux, principalement). En comparant les deux, ces études ont constaté qu’il y avait autour de 20 à 30 % moins de cas positifs au PCR qu’au scan. Celle-ci, par exemple, menée sur plus de 1000 patients à Wuhan et publiée à la fin de février dans la revue médicale Radiology, a obtenu 25 % moins de positifs avec le PCR qu’avec l’imagerie des poumons.

De là, certaines personnes — et pas forcément les auteurs de ces études, notons-le — ont déduit que la sensibilité du PCR n’était que de 70 %, mais c’est une conclusion qui est abusive, car ces deux tests ne mesurent tout simplement pas la même chose. Alors que le PCR ne détecte que les cas de COVID-19, l’imagerie des poumons, elle, «voit» tous les cas de pneumonie, qu’ils soient causés par le coronavirus ou par tout autre pathogène respiratoire (influenza, rhinovirus, etc.). Il est donc inévitable que les scans détectent plus de cas que les tests PCR, mais ce n’est pas parce que ces derniers ne sont pas fiables : c’est parce que l’imagerie des poumons est moins «spécifique», elle détecte plusieurs maladies différentes sans faire de distinction. C’est justement pour cette raison que le Collège américain de radiologie recommandait en mars de ne pas se servir des scans pour diagnostiquer la COVID-19.

Hormis la spécificité des tests, la progression de la maladie peut aussi expliquer pourquoi un test PCR est négatif alors que l’imagerie montre une pneumonie, puisque le virus n’est pas toujours excrété également dans toutes les parties de voies respiratoires, explique Dre Bestman-Smith. Au début de l’infection, la COVID-19 est surtout présente dans le haut des voies respiratoires, mais il arrive qu’il «migre», pour ainsi dire, dans les poumons — c’est ce qui arrive à ceux qui font une pneumonie. «Dans ces cas-là en particulier, dit-elle, un spécimen obtenu par le haut des voies respiratoires (écouvillon nasopharyngé, nasal) pourrait être moins bon, car les virus sont maintenant dans le poumon.»

En pratique, cependant, les patients qui se rendent jusque là ont habituellement été testés bien avant cela, voire plusieurs fois, si bien que les chances de passer à côté de pareils cas de COVID-19 sont minces, nuance Dre Bestman-Smith.

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