La COVID-19, ce rat d'égout...

BLOGUE / L'idée de «suivre» l'évolution d'une épidémie en analysant les eaux usées des villes n'est pas particulièrement nouvelle. Après tout, il y a déjà 15 ans qu'on mesure les quantités de drogues qu'une population prend en étudiant ses eaux usées, et quelques années qu'on y scrute le matériel génétique de certains virus. Mais pour «prévoir» quand arrivera la prochaine vague de patients COVID-19 à l'hôpital ?

C'est ce qu'une équipe de l'Université Yale, aux États-Unis, croit avoir réalisé en analysant les eaux usées de la ville de New Haven (Connecticut), où est située l'université. Attention, il ne s'agit pour l'instant que d'une prépublication, qui n'a pas encore été révisée par les pairs et dont les résultats doivent donc être considérés comme «préliminaires». Mais il y a quelque chose comme «de la belle science» là-dedans (en plus d'aller dans le même sens que d'autres publications, voir ici et ici), alors parlons-en un peu quand même...

Ce que l'équipe de Yale a cherché, c'est le matériel génétique de la COVID-19, dont on sait qu'il est présent dans les selles des malades — et donc dans les eaux usées de la ville. Entre le 19 mars et le 1er mai derniers, les chercheurs ont trouvé entre 1700 et 450 000 copies de l'ARN du virus par millilitre d'eau usée (l'ARN étant une forme de matériel génétique). En «lissant» les courbes pour éviter que des variations trop abruptes ne brouillent les tendances, les chercheurs ont obtenu un «pic» d'environ 130 000 / ml vers le 10 avril, suivi d'une baisse constante jusqu'au 1er mai.

Or, et c'est ce qui rend leur exercice particulièrement intéressant, ils ont aussi comparé ces concentrations de virus au nombre de nouveaux cas confirmés et aux hospitalisations de COVID-19 enregistrés chaque jour à New Haven. Résultat : la concentration de virus dans les eaux usées a précédé la courbe des cas confirmés par environ une semaine. Autrement dit, comme une assez bonne partie des cas de COVID-19 sont asymptomatiques et qu'il y a un temps d'incubation de plusieurs jours pour tous les gens atteints, l'épidémie est devenue «visible» dans les eaux usées 7 jours avant de l'être dans les tests.

Dans le cas des hospitalisations, la «courbe des égouts» avait environ 3 jours d'avance.

Fait à noter, des chercheurs de la Sorbonne ont fait un exercice semblable tout récemment (lui aussi en preprint, donc prudence). Sans obtenir des courbes qui montraient aussi clairement que les eaux usées ont de l'avance sur les indicateurs épidémiologiques classiques, ils ont tout de même observé que l'ARN de la COVID-19 était détectable dans les égouts de Paris avant que l'épidémie ne commence à se propager de manière exponentielle.

J'ignore si on pourra un jour tirer de tout ceci une sorte de système de surveillance qui pourrait avoir une quelconque utilité en santé publique, par exemple en donnant quelques jours de plus aux hôpitaux pour préparer des lits supplémentaires. Ça reste à démontrer. Mais avec ce qu'on a pour l'instant sous les yeux, on se prend à songer : coup donc... peut-être...

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